Ensamblado y anotación de genoma bacteriano

Las tecnologías de secuenciación de nueva generación han permitido secuenciar un gran número de genomas rápidamente. Muchas veces, la interpretación de los datos obtenidos, desde los datos crudos obtenidos hasta la identificación génica, representa un gran reto.

El ensamblaje de novo es un procedimiento que permite “reconstruir” los genomas de cualquier especie y facilitar la interpretación de datos.

No es necesario tener conocimientos previos de programación.
Modalidad: Presencial (CDMX) o en línea
Duración: 20 horas
Al final se entregará constancia.

Fechas curso presencial: 16, 17, 23 y 24 de mayo

Horario: 10:00-15:00hrs
Sede: Reforma, CDMX
Costo Público general: $3,000
Estudiantes: $2,800
Si ya tienes conocimientos de Linux y NGS, puedes tomar sólo el curso de Ensamblado y anotación. Costo: $1,600

Temario

Introducción a Linux y NGS

  • Principios de Linux
  • Sistemas Operativos tipo UNIX
  • Tecnologías NGS
  • Archivo FASTQ
  • Control de calidad  y filtrado
  • Parámetros de evaluación
  • Recorte y filtrado

Ensamblado y anotación

  • Ensamble
  • Determinación parámetro k
  • Ensamble de datos Illumina
  • Evaluación del ensamble
  • Métricas
  • Reordenamiento
  • Anotación

Softwares a usar:

  • FASTQC
  • Trimmomatic
  • Abyss
  • KmerGenie
  • SPADES
  • QUAST
  • MAUVE
  • Prokka
  • RAST

Para más información escríbenos a cursos@wintergenomics.com